사상 분과에서는 합리주의나 개인주의 같은 근대적 사유에 대해 아시아 불교의 다양한 대응들을 비교 연구하려고 한다. 이는 아시아 불교들이 각자의 역사적 체험 속에서 어떻게 자신들의 전통을 재해석함으로써 근대적 사유에 대응했는가를 분석하는 작업이다. 이는 이러한 대응의 결과 성립하는 근대 아시아 불교의 사상적 측면을 규명하는 노력이라고 할 수 있다. 이를 위해 사상 분과에서는 ‘근대적 사유와 아시아불교의 변용’이라는 주제 하에 ‘근대학문의 유입과 불교연구방법론의 전개’, ‘근대적 인간의 형성과 아시아 불교의 대응’, ‘ 근대적 세계의 가치와 아시아불교의 정체성 탐구’의 세 분야로 나누고, 다시 15개의 주제를 설정하였다.
